L’Institut d’études avancées de Nantes est une fondation reconnue d’utilité publique.
Son Conseil d’administration est composé de douze membres, dont une moitié de personnalités qualifiées.
Il est présidé par Madame Johanna Rolland, maire de la ville de Nantes et présidente de Nantes Métropole.
En 2023-2024, l'Institut est dirigé par une direction collégiale composée du philosophe costaricien Luis Mora-Rodriguez (directeur), du professeur de droit camerounais Pierre-Etienne Kenfack (directeur adjoint) et de Emmanuelle Garcia (directrice exécutive).
La sélection des résidents est confiée à un Conseil scientifique interdisciplinaire et international présidé par le sociologue suisse Marc-Henry Soulet.